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澳大利亚 – COVID-19:什么是基因组追踪,它是如何工作的? – 澳洲新闻 – 澳洲唐人街 – – 澳洲华人生活大全

                当一个神秘的COVID-19病例与一个群发联系在一起时,我们经常听到新闻发布会上谈论着“基因组追踪”(伴随着集体松口一气)。<br />

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但是,基因组追踪是什么,是如何工作的——以及它在哪里使用过?

尽管现在谈论它的人比以往任何时候都多,但基因组追踪多年来一直在识别和追踪疾病传播途径。

它依赖于基因组测序——这一方法已经存在了几十年,但在过去五年中变得更加便宜和快捷。

例如,在维州医院爆发耐药菌事件后,墨尔本Doherty研究所的微生物诊断部门公共卫生实验室于2015年开始对微生物的基因组进行测序。

自此以后,该实验室一直在监视并帮助查明包括肺结核、淋病、李斯特菌和沙门氏菌在内的一系列疾病的社区传播。

Doherty研究所和Austin Health的临床微生物学家和传染病医生Norelle Sherry说,因此,当COVID-19大流行开始时,实验室已经早有准备对SARS-CoV-2病毒进行测序。

“我们已经与其他实验室建立了测序关系,并为许多不同的其他生物体建立了测序协议。”

“这对我们来说只是一种新的生物体。”

从拭子到实验室

当咽喉和鼻腔拭子的结果为COVID阳性时,同一拭子样本会被送往基因组测序实验室,比如Doherty公共卫生实验室。

虽然诊断性的COVID测试也会使用病毒的遗传物质,但它只关注其中很小的一部分来确定是否存在。

相对地,基因组测序绘制出了整个SARS-CoV-2病毒的基因编码——所有29903个独立的碱基。

Sherry博士说:“基因组测序就是要看全局。”

问题是病毒的遗传物质是以长长的RNA链形式存在的,很容易散落。

所以一旦提取出RNA,就会以它为模板,合成所谓的互补DNA。DNA比RNA更坚固,也更容易处理。

由此,科学家们必须弄清楚构成互补DNA序列的碱基的确切顺序。
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最常见的技术是短读测序。病毒DNA被分解成97个片段,通过机器复制和测序,产生短一些的字母串。

每一个字母——A、T、C和G——都代表一个DNA碱基。

Sherry博士说,根据所使用的技术,这部分测序过程可能需要大约4至36小时。不过,更快的速度的代价是更低的精度。

然后,这97个排序的片段就像拼图一样,拼成一串连续的ATCG。

比较基因序列只是拼图的一部分

接下来就是将该新构建的病毒基因组序列与其他序列进行比较。

在维州,每一个SARS-CoV-2基因组序列都与维州所有其他SARS-CoV-2序列进行比较。

传染病基因组学网络还允许全澳洲的实验室比较序列,并确定各州之间的传播情况。

这是通过将它们排成一排,并寻找29903个长串字母之间的任何差异来实现的,无论这些差异有多小。

如果一个新测序的基因组与一个已知群发的基因组几乎完全相同,那就是一个强有力的线索说明它与那个群发感染有关。

Sherry博士说,但这只是追踪过程的一部分。

“通过将这些基因组信息与病例的流行病学信息——他们去过哪里,和谁接触过,什么时候得的病——结合起来,我们就可以利用这些信息一起计算出病毒可能是如何传播的。”

“没有流行病学的基因组学其实并没有那么有用。”

这些基因组信息也被输入到一种叫做系统发生树的地图中,它告诉研究人员每个序列与其他序列的关系。

而由于澳洲的COVID-19病例相对较少,几乎全国所有的阳性测试结果都被测序。

这让研究人员全面了解了冠状病毒如何在澳洲传播。

Sherry博士说:“这意味着我们拥有全球最完整的人口级数据集之一。”但在英国这样的地方,每天都有数以万计的阳性病例,只有10%左右的病例被测序。

在未来的几个月里,Doherty公共卫生实验室还将留意SARS-CoV-2的基因变化,这些变化可能会帮助它躲避疫苗的保护作用,她补充说,“在不太可能发生的情况下确保我们及早发现它们”。

https://www.abc.net.au/news/scie … ission-dna/13074682

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